Modelo computacional interactivo, semi-automatizado y de código abierto aplicado a la vigilancia de virus respiratorios / Interactive, semi-automatized and open source computational model applied to respiratory viruses surveillance

Resumen Las infecciones respiratorias agudas (IRA) causadas por virus son una importante causa de morbilidad y mortalidad en el mundo, afectando principalmente a niños y adultos mayores. Se asocian a un alto número de consultas y hospitalizaciones, a una significativa sobrecarga del sistema de salud y a un alto costo económico. La vigilancia de virus respiratorios tiene el potencial de ayudar a optimizar la respuesta sanitaria, garantizar la disponibilidad de recursos humanos, racionalizar los recursos y disminuir los costos asociados a la atención en salud. Con el objetivo de optimizar la recolección y visualización de los datos de nuestro actual sistema de vigilancia de virus respiratorios, se diseñó una plataforma basada en R y sus paquetes Shiny, que permite la creación de una interfase web interactiva y amigable para la recolección, análisis y publicación de los datos. Se ingresaron a esta plataforma los datos de la red de vigilancia metropolitana de virus respiratorios disponibles desde 2006. En esta plataforma, el investigador demora menos de un minuto en registrar los datos. El análisis y publicación es inmediato, llegando a cualquier usuario con un dispositivo conectado a Internet, quien puede elegir las variables a consultar. Con un costo muy bajo, en poco tiempo y utilizando el lenguaje de programación R, se logró crear un sistema simple e interactivo, disminuyendo el tiempo de carga y análisis de datos de forma considerable, posiblemente aumentando el impacto y la disponibilidad de esta vigilancia.

Abstract Acute respiratory infections (ARI) are an important cause of morbidity and mortality worldwide, affecting mainly children and the elderly. They are associated with a high economic burden, increased number of medical visits and hospitalizations. The surveillance of the circulation of respiratory viruses can reduce the health care associated costs, and to optimize the health response. A platform based on R and its package Shiny was designed, to create an interactive and friendly web interface for gathering, analysis and publication of the data. The data from the Chilean metropolitan respiratory viruses surveillance network, available since 2006, was uploaded into the platform. Using this platform, the researcher spends less than 1 minute to upload the data, and the analysis and publication is immediate, available to be seen by any user with a device connected to Internet, who can choose the variables to be displayed. With a very low cost, in a short time, and using the R programming language, it was possible to create a simple, and interactive platform, considerably decreasing the upload and analysis time, and increasing the impact and availability of this surveillance.

Parechovirus como agente etiológico de meningitis y/o sepsis viral en lactantes / Parechovirus as etiologic agent of meningitis and/or sepsis like illness in infants

Introduction: Human parechovirus (HPeV) belongs to the Picornaviridae family and has been described in viral meningoencephalitis and sepsis like illness in infants. Until now, 16 genotypes have been recognized, the most common are HPEV 1, 2 and 3; type 3 is most severe. Aims: To estimate the frequency of HPEV etiology in viral meningoencephalitis and sepsis in infants and characterize clinical and molecular aspects of infection. Methods: Between October 2013 and March 2015 we collected CSF samples, plasma, nasopharyngeal swabs and/or stools of patients younger than two years with suspected sepsis and/or viral meningitis. Samples were obtained from laboratory storage sites and from hospitalized patients. HPeV was diagnosed by real-time polymerase chain reaction (PCR) assay against the 5'UTR region. Positive samples were genotyped by sequencing a 304pb segment in VP3/VP1 overlapping region obtained with a nested PCR. Results: Overall HPeV detection rate was 18,6% (11/59 patients), distributed in 8.7% (4/46) laboratory's samples and 53.8% (7/13) of samples from hospitalized patients; mean age was 49 days (SD?). Most common clinical signs were irritability (%), inappetance and fever (algo mas? Magnitude? %). All six samples genotyped were HPeV 3. Conclusions: HPeV should be considered as a relatively significant etiologic agent of viral meningoencephalitis and sepsis in infants.

Introducción: Parechovirus humano (HPeV) pertenece a la familia Picornaviridae; ha sido descrito en sepsis viral y meningoencefalitis en niños de dos años o menos (lactantes). Se conocen 16 genotipos, siendo los más frecuentes HPeV 1, 2 y 3; el más grave es el tipo 3. Objetivos: Estimar la frecuencia de HPeV como agente causal de meningoencefalitis o sepsis viral en lactantes; caracterizar clínica y molecularmente los HPeV encontrados. Material y Métodos: Estudio descriptivo. Se utilizaron muestras de LCR, plasma, hisopado nasofaríngeo y/o deposiciones de lactantes con sospecha de sepsis y/o meningoencefalitis viral entre octubre 2013 y marzo 2015. Se estudiaron muestras almacenadas en laboratorio y de pacientes hospitalizados. Como diagnóstico, se realizó RPC-TR en tiempo real para HPeV dirigido a sector 5'UTR. Para la caracterización molecular, se secuenció un sector de 304 pb en unión VP3/VP1 mediante una RPC-TR anidada. Resultados: Se reclutó un total de 59 pacientes con frecuencia de HPeV de 18,6% (11/59), correspondientes a 8,7% (4/46) en muestras de colección y 53,8% (7/13) en hospitalizados, edad promedio 49 días. En la presentación clínica destacó la irritabilidad, el rechazo alimentario y la fiebre. Seis casos fueron genotipificados, todos correspondieron al tipo HPeV 3. Conclusiones: HPeV debe ser considerado como agente causal en sepsis y/o meningoencefalitis en lactantes.

Detección precoz de infección por citomegalovirus en pacientes sometidos a trasplante alogéneico de precursores hematopoyéticos por reacción de polimerasa en cadena cuantitativa en tiempo real / Early detection of cytomegalovirus infection in allogeneic hematopoietic stem cell transplant patients by real time-quantitative PCR

Introduction: CMV pp65-antigenemia (antigenemia) has been used for monitoring CMV viremia in allogeneic hematopoietic stem cell transplant (aHSCT) recipients. Recently, real time quantitative PCR (RT-qPCR ) has been used as a better approach than antigenemia for CMV diagnosis. The objective of this study was to assess the correlation of CMV viremia between RT-qPCR and antigenemia in aHSCT patients. Material and Methods: Observational prospective study of all aHSCT patients during 10 months in our center. CMV RT-qPCR in whole blood was performed weekly from day +7 to +100 after aHSCT. Simultaneous antigenemia was performed from engrafment to day +100. Concordance between both assays was evaluated. Results: Eighteen patients were included. In 120 simultaneous samples, 96 were concordant by both methods (80%). Kappa coefficient was 0.583. In 42% of cases without concordant results, patients were on antiviral therapy. Thirteen patients (72%) developed CMV infection (20 episodes). In 17 episodes, both the antigenemia and CMV RT-qPCR were positive. CMV RT-qPCR was detectable 1-2 weeks before antigenemia in 45% of the episodes. Conclusion: Both methods had a moderate concordance and CMV RT-qPCR detects CMV reactivations earlier than antigenemia, especially in neutropenic patients.

Introducción: La antigenemia pp65 (antigenemia) ha sido utilizada para monitorizar viremia de citomegalovirus (CMV) en pacientes sometidos a trasplantes alogeneicos de precursores hematopoiéticos (TPHa). Recientemente, la reacción de polimerasa en cadena cuantitativa en tiempo real (en inglés RT-qPCR) se ha usado como una mejor aproximación al diagnóstico de infección por CMV. El objetivo de este estudio fue evaluar la correlación de viremia por CMV a través de RT-qPCR con antigenemia, en pacientes que han recibido TPHa. Material y Métodos: Estudio prospectivo, observacional, de los pacientes sometidos a TPHa durante 10 meses. Se realizó RT-qPCR de CMV en sangre total semanalmente desde el día +7 al+100 después del trasplante y antigenemia en forma simultánea desde el prendimiento hasta el día +100. Se evaluó la concordancia entre ambos ensayos. Resultados: Dieciocho pacientes fueron incluidos. En 120 muestras simultáneas, 96 fueron concordantes por ambos métodos (80%). El coeficiente Kappa fue 0,583. En los casos no concordantes, el 42% se encontraba en terapia antiviral. Trece pacientes (72%) desarrollaron infección por CMV (20 episodios). En 17 episodios, ambos ensayos fueron positivos. La carga viral fue detectable 1-2 semanas antes que la antigenemia en 45% de los episodios. Conclusión: Existe una buena correlación entre ambas técnicas y la RT-qPCR detecta más precozmente que la antigenemia las reactivaciones de CMV, especialmente en pacientes neutropénicos.

La vacuna polio oral en lactantes no interfiere con la detección de enterovirus en sangre / Oral polio vaccine in infants does not interfere in detection of enterovirus in blood

Introduction: There is not known if a viraemia post-oral polio vaccine (OPV) is detectable by modern molecular techniques. Such viraemia could affect the performance of the real time-polymerase chain reaction (PCR) for non polio enterovirus (EV) detection, technique of growing clinical use for the study of febrile infants. Objective: To determine viraemia post-first dose of OPV in healthy infants, by molecular techniques. Patients and Methods: 50 infants less than three months without previous VPO were randomized in 5 groups: a control group with pre-vaccination blood sample (BS), group 1 BS at day 2, group 2 BS at day 4, group 3, BS at day 6 and group 4, BS at day 8 post-vaccination. Conventional and specific PCR for poliovirus and real time PCR for non polio EV were performed in BS and in OPV samples. Results: No genetic material of poliovirus was detected in any infant, while in 9 of them (18%) non polio EV was identified. Real time PCR for EV did not amplify poliovirus from OPV samples. Discussion: Results suggest that no post VPO viraemia detectable by molecular methods exists. Considering that real time PCR for EV does not allow to identify polio virus, no false positives of the test are expected as a result of a recent VPO vaccination. We documented presence of non polio EV in blood of healthy asymptomatic infants.

Introducción: No existen estudios que indiquen si la vacuna polio oral (VPO) produce viremia detectable mediante métodos moleculares. Una eventual viremia podría afectar el rendimiento de la RPC tiempo real para detectar enterovirus (EV) no polio, examen de creciente uso clínico en lactantes pequeños con fiebre sin foco. Objetivo: Determinar viremia post VPO en lactantes sanos, por métodos moleculares. Métodos: 50 menores de 3 meses, al momento de recibir su primera VPO se distribuyeron en forma aleatoria en 5 grupos: control, muestra de sangre pre-vacunación; grupo 1, muestra al 2° día; grupo 2, al 4° día; grupo 3, al 6° día y grupo 4, al 8° día post-vacunación. Se realizó RPC convencional específica para virus polio y RPC tiempo real para EV no polio en las muestras de sangre y en muestras de VPO. Resultados: No se identificó presencia de material genético de virus polio en lactante alguno, mientras que en 9 (18%) se identificó presencia de EV no polio. La RPC tiempo real para EV no polio no amplificó material genético a partir de las muestras de VPO. Discusión: Los resultados sugieren que no existe viremia post-VPO detectable por métodos moleculares. Considerando que la RPC tiempo real de EV no polio de uso clínico no permite identificar la presencia de virus polio, estos hallazgos indican que no existirán falsos positivos de este examen como resultado de una vacunación VPO reciente. Adicionalmente se documentó presencia de EV no polio en sangre de lactantes asintomáticos.